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人细胞自噬PCR芯片

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PCR ARRAY介绍

PCR ARRAY又称PCR芯片,运用高通量荧光定量PCR方法,在一张96孔或384孔板上同时对某个信号通路或疾病相关基因的表达量变化进行检测,芯片上的基因包括了与研究对象有确定关系的基因或者待考证的基因;目前BET9九州体育针对不同的信号通路和疾病相关基因设计了150多款功能分类PCR芯片,涵盖生命科学研究的各个领域。


人细胞自噬PCR芯片介绍

   BET9九州体育的人细胞自噬ARRAY含有84个与人细胞自噬相关的基因,包括形成自噬组件和自噬调节因子两大部分,其中形成自噬组件的有:参与自噬性空泡形成的基因,负责蛋白质靶向膜/真空的基因,负责蛋白质转运的基因,将自噬体与溶酶体连接的基因,参与蛋白质泛素化的基因和具有蛋白酶活性的基因;参与自噬调节的基因有:自噬和细胞凋亡的共调节因子,自噬和细胞周期的共调节因子,细胞内病原体自噬诱导,响应于其他细胞内信号的自噬和伴侣介导的自噬。


产品说明

产品名称

细胞自噬PCR芯片

英文名称

Human Autophagy PCR Array

货    号

sp-TWCPAHM-0002

基因数目

84

基因名称

见基因列表

检测费用

1260/

样本类型

细胞,组织等

项目周期

2周(不含节假日)

实验结果

原始数据,数据分析

技术原理

*相对定量,SYBR Green

*相对定量:用于测定一个测试样本中目标基因与校正样本中同一基因表达的相对变化。校正样本可以是一个未经处理的对照或者是在一个实验研究中处于零时的样本


服务特点

1. 只需提供样品

2. 数据分析多样性选择

3. 中低通量,一次性检测多个相关基因的表达水平

4. 周期短

5. 结果不需要qPCR验证


服务流程

1. 确定实验方案,签合同

2. 样品寄出(-80℃顺丰寄出)

3. 收样后进行质控

4. 质控过关,上机检测

5. 数据分析


样品预处理方法

为了避免样品中RNA降解,需对样品进行预处理。

样品类型

处理方法

送样量

贴壁细胞

倒出培养液,用 1×PBS 清洗一次。
10 cm2生长的培养细胞中加入 1-2 ml trizol,轻微晃动,确保使裂解液均匀分布于细胞表面。将内含细胞的裂解液转移至离心管中-80℃保存

至少1×106个细胞

悬浮细胞

将悬浮培养细胞连同培养液一起倒入离心管中,8,000 g 4℃离心2 分钟,弃上清。
向细胞中加入 1 ml trizol-80℃保存

至少1×106个细胞

组织(动物器官类)

离心管中加1 ml trizol,确保浸没组织,-80℃保存

至少20mg,约小黄豆大小

 

检测流程:

1. 样品总RNA提取

2. RNA质量检测,检测RNA纯度及完整度,提供RNA质量报告;

3. cDNA合成,使用逆转录酶,将样品RNA逆转录为cDNA

4. 实时定量PCR反应;

5. 数据分析,计算PCR芯片中的各个Ct值,采用ΔΔCt方法比较基因的表达变化,并利用公司自主开发的数据分析软件进行比较。

 

数据图

 

火山图——是在一张图中利用P值和表达差异值分析做图,可以非常的直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。

 

 

维恩图——不同的实验组(集合)之间的基因的相互关系。

 

 

柱状图——能够直观的反映不同样本的基因表达情况的差异。

 

散点图——用两组数据构成多个坐标点,考察坐标点的分布,判断两变量之间是否存在某种关联或总结坐标点的分布模式。

 

 

热图——热图是对实验数据分布情况进行分析的直观可视化方法,可以用来进行实验数据的质量控制和差异数据的具像化展示,还可以对数据和样品进行聚类,观测样品质量。

 

 

基因列表 

Autophagy Machinery Components:

Genes Involved in Autophagic Vacuole Formation: AMBRA1 (NYW1), ATG12, ATG16L1, ATG4A, ATG4B, ATG4C, ATG4D, ATG5, ATG9A, ATG9B, BECN1, GABARAP, GABARAPL1, GABARAPL2, IRGM, MAP1LC3A, MAP1LC3B, RGS19, ULK1, WIPI1.

Genes Responsible for Protein Targeting to Membrane / Vacuole: ATG4A, ATG4B, ATG4C, ATG4D, GABARAP.

Genes Responsible for Protein Transport: ATG10, ATG16L1, ATG16L2, ATG3, ATG4A, ATG4B, ATG4C, ATG4D, ATG7, ATG9A, GABARAP, GABARAPL2, RAB24.

Genes Linking Autophagosome to Lysosome: DRAM1, GABARAP, LAMP1, NPC1.

Genes Involved in Protein Ubiquitination: ATG3, ATG7, HDAC6.

Genes with Protease Activity: ATG4A, ATG4B, ATG4C, ATG4D.

Regulation of Autophagy:

Co-Regulators of Autophagy and Apoptosis: AKT1, APP, ATG12, ATG5, BAD, BAK1, BAX, BCL2, BCL2L1 (BCL-X), BECN1, BID, BNIP3, CASP3, CASP8 (FLICE), CDKN1B (p27KIP1), CDKN2A (p16INK4), CLN3, CTSB, CXCR4, DAPK1, DRAM1, EIF2AK3, FADD, FAS (TNFRSF6), HDAC1, HTT, IFNG, IGF1, INS, MAPK8 (JNK1), MTOR, NFKB1, PIK3CG, PRKAA1, PTEN, SNCA, SQSTM1, TGFB1, TGM2, TNF, TNFSF10 (TRAIL), TP53.

Co-Regulators of Autophagy and the Cell Cycle: BAX, CDKN1B (p27KIP1), CDKN2A (p16INK4), IFNG, PTEN, RB1, TGFB1, TP53.

Autophagy Induction by Intracellular Pathogens: EIF2AK3, IFNG, LAMP1.

Autophagy in Response to Other Intracellular Signals: CTSD, CTSS, DRAM2 (TMEM77), EIF4G1, ESR1 (ERa), GAA, HGS, MAPK14, PIK3C3 (VPS34), PIK3R4, RPS6KB1, TMEM74, ULK2, UVRAG.

Chaperone-Mediated Autophagy: HSP90AA1, HSPA8.

 

参考文献

Zhu J J, Liu Y F, Zhang Y P, et al. VAMP3 and SNAP23 mediate the disturbed flow-induced endothelial microRNA secretion and smooth muscle hyperplasia[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2017, 114(31): 8271-8276. (IF9.661)

Zheng H S, Guo W Q, Wu Q L, et al. Electro-peroxone pretreatment for enhanced simulated hospital wastewater treatment and antibiotic resistance genes reduction[J]. Environment international, 2018, 115: 70-78. (IF7.088)

Pu C, Liu H, Ding G, et al. Impact of direct application of biogas slurry and residue in fields: In situ analysis of antibiotic resistance genes from pig manure to fields[J]. Journal of Hazardous Materials, 2018, 344: 441-449.IF6.065

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